1000多年间，风霜雨雪，兵燹火灾，五凤楼几历毁圮，也几经修建。历代重建或重修，都是在原址上进行，也就是说，三个城门洞基础部分基本保持原貌不变，翻修的基本上都是楼上部木结构部分。由此可见当初设计者目光之远大，设计标准之超前和工程质量之高。

南宋端平二年（公元1235年），在五凤楼遗址上新建“谯楼”，并由南宋文学家刘克庄撰写《新建谯楼记》，文中“时城中遗烬，暴骼满目。市区二十四，存者九。财殚粟竭，物情汹汹不安”，抒写修楼前城区一片凄惨景象。又指出而后“明诛赏，辨逆顺，而军纪肃；抚创痍，辑流散，而民气和；啬用度，规荒残，而官府立”，正因地方官奖罚分明，安抚贫苦，廉政节约，百废俱兴，他才“叙建人之情，刻于金石，千载之传也”。明代谢超宗有《七夕登谯楼》：“此日成高阁，登临异昔年。楼追银汉表，檐接鹊桥边。一郡聪明君，千秋雅颂传。自天嘉仍绩，听漏进朝联。”“谯楼”，是一种专门在作战时用来瞭望敌阵的设施。可见此时这座楼的功能已开始发生变化，从原先带有炫耀排场以精神为主皇权象征的建筑，转变为以实用为主军民两用性质的建筑了。

清朝乾隆十九年（公元1754年）重建后，楼名更改为“镇安楼”。太守史曾期作序：“今值升平，国家兴隆重修，因名镇安，并置鼓司更，通宵达旦均有专人置戍，以警灾监偷，尤寓振奋起惰，为士民倡之意”，具有祈求镇守一方平安的意思，“置鼓司更”则更强调其保民平安的功用了。民国六年（公元1917年）再次重修，改称鼓楼。

鼓楼曾置大鼓一面，高1.8米，鼓面直径1.71米。鼓楼不仅击鼓报更，更重要的职能是报火警。如遇火警，守望人先敲急鼓一阵，然后以鼓点指明火警发生在楼的东南西北哪一方向，引导人们前去救火。抗战时期直到解放后相当一段时间，楼上曾架设防空警报器，设有防空监视哨。

鼓楼曾安有大钟一座。这钟是福州亨得利钟店手工制造，以铁链吊铁锤作为钟的动力，铁锤落地，钟便停走，要靠人工再将铁链铁锤挂上才恢复正常运行，比较笨拙。但此大钟不仅显示钟点还显示日期，过往人们抬头即可看到，甚为方便。每逢正午，楼上还放午炮一响，通告全城。

鼓楼南北两面中洞上端墙上，原有匾额，分别为“雄镇南天”“恩迎北极”大字，字体为楷书，雄浑壮实有力，据说是某朝的状元所写，字面用兰花碗碎片贴面。上世纪五十年代，“雄镇南天”两侧门洞顶用繁体字书写“巩固人民民主政权”“拥护共产党领导”两幅标语，正中则矗立巨幅毛主席画像，给人感觉大有北京天安门的意趣。文革开始，“雄镇南天”四字换为毛泽东字体“红卫楼”三字，楼墙也由土灰色全部改漆成赭红色的了。